Zasadniczo każdemu wojownik Ninja kojarzy się dość muskularnym typkiem, który zwykle na plecach nosi sporych rozmiarów katanę, natomiast za pazuchą nosi garść morderczych gwiazdek. W tej grze jest jednak zupełnie inaczej. Ninja w tej grze to mały pokurcz, które ledwie wyrasta ponad źdźbła trawy. Tak niewielki rozmiar bohatera nie oznacza jednak, że nasz „kurdupel” jest całkowicie bezbronny. Hiro – główny bohater gry Mini Ninjas- jest bardzo uzdolnionym wojownikiem. Lepiej nie zadzierać, bo można tego pożałować. Nasz mały bohater jest bowiem w trakcie realizowania jednej z najtrudniejszych i najniebezpieczniejszych misji w jego życiu.
Fabuła tej gry jest bardzo prosta. Mamy tutaj do czynienia ze standardową walką dobra ze złem. I jak to zwykle bywa, ta jaśniejsza strona musi oczywiście zwyciężyć. Na początku jednak prawość przegrywa, bowiem po wirtualnym świecie krąży okrutny Samuraj. Zamienia on zwykłe leśne stworzenia w straszne i krwiożercze kreatury. Ich zadaniem jest eliminacja każdego, kto tylko stanie im na drodze.
Największą zaletą naszego małego bohatera nie jest mały miecz, czy inne atrybuty służące do walki. Jego głównym atrybutem jest magiczna energia Kuji, dzięki której potrafi przywoływać pioruny, a także miotać kulami ognia. To doskonała propozycja dla dzieciaków.